DIA定量蛋白質(zhì)組學分析
?基于二級質(zhì)譜信號的定量蛋白質(zhì)組技術(shù)
?數(shù)據(jù)覆蓋度高，定量重現(xiàn)性好
?不需混樣、開啟個體化蛋白質(zhì)組學分析新篇章
?避免實驗操作體系影響，回歸大樣本統(tǒng)計分析，數(shù)據(jù)更可靠
| 差異定量方法比較 | TMT/iTRAQ | DIA |
| 數(shù)據(jù)采集方式 | DDA 選擇豐度高的離子碎裂，數(shù)據(jù)采集具有一定隨機性； 只能根據(jù)母離子/報告離子定量，無法提取離子對定量，隨機性較大，準確性、重現(xiàn)性較差。 | DIA 所有離子完全采集，無數(shù)據(jù)丟失；重現(xiàn)性好；高通量定量分析。 |
| 優(yōu)勢 | 混合上機，質(zhì)譜分析平行性好。 樣本數(shù)量較少，相對定量簡易。 方法成熟，參考文獻豐富，成本較低。 | 質(zhì)譜操作簡便不需分組分，樣本處理很少，軟件及數(shù)據(jù)庫快速發(fā)展提高效率。 DIA全掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性好，可高通量定量分析更多蛋白。 個體化分析，樣本數(shù)增加，統(tǒng)計學分析更具意義。 樣本基因表達差異影響?。ú煌课?、不同個體的樣本，均能分析）。 |
| 局限 | 基因表達情況接近的樣本（不能跨部位），為消除個體差異帶來的影響，科研上很多時候還需要混樣。 樣品數(shù)受限（≤8標、≤10標）；樣本數(shù)量較多時需設(shè)對照分多組，定量分析困難。 DDA掃描，蛋白鑒定重現(xiàn)性較差，獲得的差異定量數(shù)據(jù)，必須進一步驗證。 | 采用DIA數(shù)據(jù)采集方式，對質(zhì)譜儀器平臺要求高。 數(shù)據(jù)量大，對方法及軟件效率要求高。 若大樣本檢測，檢測成本相對提高。 |
相關(guān)文獻：
Liu Y, Chen J, Sethi A, et al. Glycoproteomic analysis of prostate cancer tissues by SWATH mass spectrometry discovers N-acylethanolamine acid amidase and protein tyrosine kinase 7 as signatures for tumor aggressiveness[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(7): 1753-1768.
Liu Y, Buil A, Collins B C, et al. Quantitative variability of 342 plasma proteins in a human twin population[J]. Molecular systems biology, 2015, 11(2): 786.
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